明代初年，在結(jié)束了元末以來社會動蕩不安的混亂局面，經(jīng)過近百年的努力，經(jīng)濟(jì)得以復(fù)蘇和發(fā)展，政治和社會相對穩(wěn)定，出現(xiàn)了“洪永”盛世。在此期間，朝廷堅(jiān)持“世治宜用文”的文教政策，集中精力發(fā)展官學(xué)和強(qiáng)化科舉考試，并且取得明顯的成效，官學(xué)教育得到空前的發(fā)展。據(jù)《明史·選舉志》稱：
　　明，天下府州縣衛(wèi)所皆建儒學(xué)，教官四千二百余員，弟子無算，教養(yǎng)之法備矣……蓋無地而不設(shè)之學(xué)，無人而不納之教，庠聲序音，重規(guī)疊矩，無問于下邑荒徼、山陬〔zou鄒〕海涯。此明代學(xué)校之盛，唐宋以來所不及也。
　　中央官學(xué)規(guī)模擴(kuò)大，設(shè)施充備，制度完善，待遇優(yōu)厚。有人稱：明代中央官學(xué)“規(guī)制之備，人文之盛，自有成鈞，未之嘗聞也”。地方各級官學(xué)也普遍設(shè)立，并采取一系列措施，調(diào)動入官學(xué)讀書的積極性，一度形成“家有弦誦之聲，人有青云之志”的社會風(fēng)氣。
　　明代全力發(fā)展官學(xué)，強(qiáng)化科舉考試，書院受到了冷落，陷入沉寂狀態(tài)。近代學(xué)者、書院史研究專家柳詒征先生在《江蘇書院志初稿》一書中指出：“明初教士，一歸學(xué)?！保爸v學(xué)書院之風(fēng)一變，其存者徒以崇祀先儒耳”。清代學(xué)者黃以周也曾說過：“學(xué)校興，書院自無異教；學(xué)校衰，書院所以扶其弊也?！辈簧贂罕徊⑷氲胤焦賹W(xué)或社學(xué)。白鹿洞書院，自元末毀于兵火，一直無人問津，竟然“昔日規(guī)制不可見，惟聞山鳥相呼，山鳴谷應(yīng)，余音悠揚(yáng)，恍類弦歌聲”(《白鹿洞志》卷十二，《游鹿洞記》)。岳麓書院在明初也處于荒廢狀態(tài)：“破屋斷垣，隱然荒榛野莽間。”當(dāng)時(shí)有人留下一首《書院廢跡》詩：“峨峨岳麓山，前賢讀書處。世遠(yuǎn)人亦亡，遺基盡荒穢。猶存北海碑，尚有南軒記。公暇一來過，徘徊發(fā)長喟！”(《岳麓志》)少數(shù)書院雖得以保留，主要是用作祭祀之所，如：洙泗、尼山書院只為祭祀孔子及其弟子，不復(fù)有講學(xué)之舉了。

　　明憲宗成化年間至孝宗弘治年間(公元1465—1505年)，官學(xué)教育和科舉考試弊端叢生。官學(xué)學(xué)生“但取食廩年深者”，“只有資格”、“不講學(xué)力”，“士風(fēng)澆漓”、“不勝其濫”。部分朝臣和讀書士子強(qiáng)烈要求朝廷采取措施，“頒布明詔，廣開言路，以振作鼓舞天下士氣”(《明通鑒》卷三十三)。同時(shí)著手恢復(fù)書院講學(xué)，以彌補(bǔ)或糾正官學(xué)和科舉之弊。成化元年(公元1465年)南康太守李齡在白鹿洞書院舊址增建房舍，招郡人子弟相約其中，聘著名理學(xué)家胡居仁掌教事，“名士弦誦其間，而風(fēng)教始著”，并立規(guī)約六條，“正趨向以立其志，主誠敬以存其心，博窮事理以盡致知之方，審查幾微以為應(yīng)事之要，克治力行以盡成己之道，推己及物以廣成物之功”。吸引“四方英明豪杰之士，相與講論，切磋于其間”(《胡敬齋集》)。成化五年(公元1469年)長沙知府錢澍修復(fù)岳麓書院，使“百數(shù)十年丘墟之地，頓覯大觀”，弘治七年(公元1494年)陳鋼、楊茂元繼續(xù)修復(fù)，至弘治九年(公元1496年)再次“辟道路，廣舍宇，備器用，增公田，儲經(jīng)書”，以便“振文教于湖南，流聲光于天下”(《岳麓志》卷七)。
　　白鹿洞、岳麓兩座著名書院的相繼修復(fù)，確實(shí)起到了“流聲光于天下”的作用。朝廷也一改長期對書院冷漠的態(tài)度，主動提倡建書院，憲宗成化二十年(公元1484年)“命江西貴溪縣重建象山書院”，孝宗弘治二年(公元1489年)“以吏部郎中周木言修江南常熟縣學(xué)道書院”，標(biāo)志著明代書院全面興盛時(shí)期即將來臨。
　　明代正德年間(公元1506—1521年)，書院進(jìn)入極盛時(shí)期?！翱N紳之士，遺佚之老，聯(lián)講會，立書院，相望于遠(yuǎn)近。”其直接原因是王陽明、湛若水等一批名流大師倡書院以聚徒講學(xué)。據(jù)《明史·王守仁傳》贊稱：“正嘉之際，王守仁聚徒于軍旅之中，徐階講學(xué)于端揆之日，流風(fēng)所被，傾動朝野。”沈德符在其所著《野獲編》中也說：“自武宗朝(武宗朱厚照，年號正德)，王新建(王陽明被封為新建伯，故稱王新建)以良知之學(xué)，行江浙兩廣間，而羅念庵、唐荊川諸公繼之，于是東南景附，書院頓盛。”湛若水是一位“志篤而力勤”的教育家，55年間無日不授徒，無日不講學(xué)，“平生足跡所至，必建書院以祀白沙(陳白沙，湛若水之師)，從游者殆遍天下”。
　　有人統(tǒng)計(jì)，明代共建書院近1600所，其中正德年之前所建約500所，正德年之后所建約1100所。就是說，從朱元璋建明至正德元年(公元1368—1506年)近140年，所建書院，僅占明代書院總數(shù)的30%，正德之后同樣不足140年(公元1506—1644年)，所建書院占明代書院總數(shù)的70%。而正德、嘉靖兩朝(公元1506—1566年)共60年，卻建書院達(dá)634所，占總數(shù)近40%，超過正德前140年所建書院的總和。在王陽明、湛若水等人及其弟子門人講學(xué)活動的主要地區(qū)，書院增設(shè)更盛，如：江西書院達(dá)265所，浙江也達(dá)173所，廣東(含海南)149所。三省之和近600所，占全國書院1/3以上。連西北、西南等邊遠(yuǎn)地區(qū)，如甘肅、寧夏、貴州、云南等省區(qū)，也創(chuàng)建了不少書院，而且絕大部分為正德年之后所建。
　　正德、嘉靖兩朝對書院發(fā)展采取支持、鼓勵的方針，促使書院蓬勃發(fā)展，結(jié)果發(fā)展規(guī)模擴(kuò)大，書院數(shù)量猛增，書院講學(xué)的宗旨和內(nèi)容也出現(xiàn)不合官方意圖的趨勢。朝廷感到有失控的危險(xiǎn)。尤其是不少書院被卷入朝野政治斗爭的風(fēng)浪中，引起朝廷的警覺，在某些政治勢力的操縱下，自嘉靖后期起，多次出現(xiàn)禁毀書院的事件。但是，書院具有強(qiáng)大的社會影響力和生命力，事實(shí)上是禁而不止，毀而難廢的。
　　縱觀明代書院的發(fā)展，明初“國學(xué)網(wǎng)絡(luò)人才，士之散處書院者，皆聚之于兩雍，雖有書院，其風(fēng)不盛”，正德之后，“國學(xué)之制漸墮，科舉之弊孔熾，士大夫復(fù)倡講學(xué)之法，而書院又因之以興?！?《江蘇書院志初稿》)王陽明等人聚徒講學(xué)，傾動朝野，東南景附，遠(yuǎn)近相望，流風(fēng)所被，書院頓盛。至東林書院興，其講學(xué)力主“諷議朝政，裁量人物”。朝廷又采取了粗暴地禁毀措施，然而又禁而不能止。