婆羅浮屠是作為一整座大佛塔建造的，從上往下看它就像佛教金剛乘中的一座曼荼羅，同時代表著佛教的大千世界和心靈深處。塔基是一個正方形，邊長大約118米。這座塔共九層，下面的六層是正方形，上面三層是圓形。頂層的中心是一座圓形佛塔，被七十二座鐘形舍利塔團(tuán)團(tuán)包圍。每座舍利塔裝飾著許多孔，里面端坐著佛陀的雕像。佛塔的建筑材料是取自附近河流的約5萬5千立方米石料。這些石料被切成合適的大小，由人工運(yùn)至建筑地點。石塊之間用榫卯連接。建筑完工之后工匠們在石塊上刻下浮雕。佛塔建有良好的排水系統(tǒng)，以適應(yīng)當(dāng)?shù)氐谋┯辍榉婪e水，每個角上都有裝飾著滴水嘴獸的排水孔，整座佛塔共有100個這樣的排水孔。

婆羅浮屠和其它同類的建筑有很大的差異。它被建于一座山上，而不是平地。不過建筑工藝和爪哇的其它廟宇相似。由于它的實心結(jié)構(gòu)和類似金字塔的造型，人們起初認(rèn)為婆羅浮屠是一座舍利塔（梵文stupa，或譯窣堵坡），而不是廟宇。舍利塔的目的是供奉佛陀，有時也僅僅是一種虔誠的標(biāo)志。而廟宇則是在房屋中供奉佛陀，并且給信徒參觀朝拜。然而從婆羅浮屠的精心設(shè)計和建造來看，它事實上是一座廟宇。婆羅浮屠的臺階和走廊引導(dǎo)信徒們拾級而上，直至頂層。婆羅浮屠的每一層都代表著修煉的一個境界。信徒們的朝拜路線裝飾著象征佛教 大千世界的各種圖案。