氣泡圖（bubble chart）是可用于展示三個變量之間的關(guān)系。它與散點(diǎn)圖類似，繪制時(shí)將一個變量放在橫軸，另一個變量放在縱軸，而第三個變量則用氣泡的大小來表示。排列在工作表的列中的數(shù)據(jù)（第一列中列出 x 值，在相鄰列中列出相應(yīng)的 y 值和氣泡大小的值）可以繪制在氣泡圖中。氣泡圖與散點(diǎn)圖相似，不同之處在于：氣泡圖允許在圖表中額外加入一個表示大小的變量進(jìn)行對比。

小銳，你知道怎么繪制氣泡圖嗎？

知道喲，待我慢慢道來。

今天進(jìn)行pathway富集氣泡圖代碼放送，小伙伴們快快過來圍觀。

第一步：了解輸入數(shù)據(jù)類型

Count：差異表達(dá)基因中，屬于這個通路的基因的數(shù)量。

All_count：所有基因中屬于這個通路的基因的數(shù)量。

P：富集分析p值。

FDR ：富集分析的Q值。

第二步：上代碼

setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/') #定義文件輸入輸出路徑

library(ggplot2) #加載ggplot2包

pdf("kegg.pdf",8,6) #設(shè)定輸出文件

pathway=read.table("pathway.txt",header=TRUE,sep="t",check.names = 1) #讀入數(shù)據(jù)

pathway$richFactor=pathway$count/pathway$All_count #計(jì)算pathway的richFactor值

p=ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) #畫圖

p=p+geom_point(aes(size=count)) #改變點(diǎn)的大小

p=p+geom_point(aes(size=count,color=-log(p))) #根據(jù)p值自定義漸變顏色圖

p=p+scale_colour_gradient(low="green",high="red") + #改變圖片的樣式

labs(color=expression(-log(p)),size="Gene number",

x="Rich factor",y="KEGG Pathway")

p=p+theme_bw() #去除灰色背景

p

dev.off()

第三步：亮結(jié)果

是不是感覺瞬間眼前一亮呢，如果想在X軸顯示pathway，你可以這樣做：

p=ggplot(pathway,aes(Pathway,richFactor)) #畫圖

p=p+geom_point(aes(size=count,color=-log(p))) #根據(jù)p值自定義漸變顏色圖

p=p+ scale_colour_gradient(low="green",high="red") + #改變圖片的樣式

labs(color=expression(-log(p)),size="Gene number",

x="Rich factor",y="KEGG Pathway")

p=p+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(size=8,angle=90,hjust=1))#去除灰色背景，并對x軸字體進(jìn)行設(shè)置

p

dev.off()

圖形如下：

※

接下來再安利一個柱狀圖的代碼：

data$value=-log(data$p)

#data$path=rownames(data)

data<-data[order(data$value,decreasing=T),] #排序

pdf("pathway.pdf",4,6)

p<-ggplot(data,aes(x=rev(reorder(Pathway,value)),y=value)) + geom_bar(stat='identity',fill="red")+

labs(y="-log(P value)",x="KEGG Pathway")+ theme(panel.background=element_rect(fill="white",color="#767676",size=0.5),panel.grid.minor = element_line(colour="#F0F0F0", size=0.25),

panel.grid.major=element_line(size=0.25,color="#F0F0F0"))+ #設(shè)置背景色，邊框線以及內(nèi)部線條的粗細(xì)及顏色theme(axis.text.x=element_text(size=7,angle=90,hjust=1,colour="black"))

p

dev.off()

有了這些代碼，就可以選取需要的pathway，繪制屬于自己的圖形。

神奇代碼，學(xué)以致用

學(xué)無止境，下期繼續(xù)

更多干貨，敬請期待

供稿：宋瑞雪

編輯：魯淑妮