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對(duì)生信分析中得到的一些基因，進(jìn)行KEGG富集分析，達(dá)到對(duì)基因進(jìn)行注釋和分類的目的。 本文利用R語(yǔ)言的ggplot2包，從頭帶您繪制文獻(xiàn)級(jí)別的KEGG富集分析氣泡圖。 一 載入數(shù)據(jù)集和R包 library(ggplot2)pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)head(pathway)不同軟件得到的KEGG結(jié)果的列名稱可能不一致，但是這幾列幾乎都會(huì)有。 二 繪制KEGG氣泡圖 2.1初始化數(shù)據(jù)并繪制散點(diǎn)圖 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point()可在以下幾個(gè)方面進(jìn)行優(yōu)化： A：標(biāo)題，橫縱坐標(biāo)軸； B：按照通路上基因的多少定義點(diǎn)的大小； C：根據(jù)P值定義點(diǎn)的顏色； 2.2 修改點(diǎn)的大小 #按照Gene個(gè)數(shù)定義點(diǎn)的大小ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point() +geom_point(aes(size=Gene))2.3 修改點(diǎn)的顏色 #定義連續(xù)型的配色ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high = "red")三 匯總展示 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high = "red")+ #labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene", ##expression函數(shù)定義函數(shù)樣式 []添加下標(biāo)，^添加上標(biāo)x="Pvalue", ##自定義標(biāo)軸y="Pathway name",title="Pathway enrichment")+ ##自定義坐標(biāo)軸theme_bw() #去掉背景四 參考資料 ggplot2：數(shù)據(jù)分析與圖形藝術(shù) 好了，更換成自己的數(shù)據(jù)集即可以自己動(dòng)手繪制KEGG通路氣泡圖了。 |
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