BioEdit是一個(gè)功能很強(qiáng)大的生物學(xué)軟件，整合了很多常用的生物信息工具。如：多序列比對(duì)，質(zhì)粒圖譜的繪制，查看DNA序列的酶切位點(diǎn)等等。

使用BioEdit可以方便的生成和繪制進(jìn)化樹(shù)。

首先，打開(kāi)序列。我們這里是一個(gè)含有6個(gè)蛋白質(zhì)的Fasta格式的文件。如下所示：

然后從菜單中選擇“ClustalW多序列比對(duì)”，會(huì)彈出下一個(gè)對(duì)話(huà)框，設(shè)置一些程序運(yùn)行的參數(shù)。

我們這里采用了默認(rèn)配置，直接點(diǎn)擊“Run ClustalW”按鈕。ClustalW程序會(huì)以命令行的形式運(yùn)行，程序運(yùn)行會(huì)在多序列比對(duì)完成之后，顯示多序列比對(duì)的結(jié)果，并生成進(jìn)化樹(shù)。

“進(jìn)化樹(shù)”呢？別著急，進(jìn)化樹(shù)已經(jīng)生成了?，F(xiàn)在，我們關(guān)閉BioEdit軟件。進(jìn)化樹(shù)已經(jīng)在它該在的地方了，我們這就去把它挖出來(lái)。

我們來(lái)到了BioEdit的安裝目錄（通常是“C:\BioEdit”），這里有一個(gè)Temp臨時(shí)文件夾，打開(kāi)臨時(shí)文件夾，里面就要我們要的東西了。

我這里有5個(gè)文件，你那里說(shuō)不定會(huì)有別的臨時(shí)文件。如果無(wú)法確定，不妨把這些文件都刪除了，重頭運(yùn)行一遍，就這剩下這5個(gè)文件了。

正如文件名昭示的那樣，第一個(gè)文件是一個(gè)log文件，第二個(gè)文件時(shí)程序運(yùn)行的參數(shù)設(shè)置，第三個(gè)文件是多序列比對(duì)的結(jié)果，第四個(gè)文件時(shí)我們的蛋白質(zhì)序列的一份拷貝，最后一個(gè)就是我們需要的進(jìn)化樹(shù)了。
這幾個(gè)文件其實(shí)都是文本文件，可以用“記事本”之類(lèi)的軟件打開(kāi)的。最后一個(gè)進(jìn)化樹(shù)用TreeView軟件打開(kāi)，就會(huì)得到這樣的結(jié)果。

這是一棵什么樹(shù)？葉子的標(biāo)示都不對(duì)啊。不好意思，忘記告訴你了，這個(gè)dnd文件需要修改一下。將這些“0000000XX”的編號(hào)改成我們的序列名稱(chēng)“Seq1，Seq2”等等。用文本編輯器打開(kāi)最前面和最后面的那個(gè)文件。按照l(shuí)og文件中的指示，把dnd文件中的編號(hào)改過(guò)來(lái)吧。

會(huì)變成這個(gè)樣子。

這是你想要的結(jié)果嗎？

我們還有一下幾種展示方案，敬請(qǐng)選擇。

好了，就這樣結(jié)束了。如果覺(jué)得有問(wèn)題，請(qǐng)留言吧。BioEdit的，進(jìn)化樹(shù)的都可以。

對(duì)了，忘記告訴你，如何安裝Treeview這個(gè)軟件了。BioEdit附帶了這個(gè)軟件，不過(guò)默認(rèn)似乎沒(méi)有安裝，在BioEdit的安裝目錄，有安裝包，自行安裝一下吧。

來(lái)自：