葉爾羌汗國的締造者賽依德汗于1533年逝世，同年拉施德汗繼承父位。這時，東察合臺汗國勢力仍然控制著東部地區(qū)，并且對葉爾羌汗國形成威脅。在這種情況下，拉施德汗登上汗位，果斷地采取了對朵豁剌惕部的艾米爾的鎮(zhèn)壓行動。對朵豁剌惕部艾米爾家族享有的十二種特權(quán)果斷地予以廢除，并且以迅雷不及掩耳之勢捕殺了朵豁剌惕部艾米爾薩亦德·馬黑麻及其家屬，把汗國的實際權(quán)力奪回來，掌握在自己手中。

當(dāng)拉施德汗平定了和田地區(qū)以后，在阿克蘇地區(qū)同滿速兒發(fā)生了數(shù)次戰(zhàn)爭。最后，滿速兒主動出兵進攻拉施德卻遭到失敗，拉施德大獲全勝。

公元1560年(伊斯蘭歷九六七年)拉施德汗在和田病逝。由次子阿卜都喀林木繼位。這時，拉施德汗的第七子虎來西(和田總督)反叛，進入吐魯番地區(qū)。阿卜都喀林木派兄弟馬黑麻(阿克蘇總督)、索非(喀什噶爾總督)、阿卜撒因(新任和田總督)前往鎮(zhèn)壓。交戰(zhàn)結(jié)果，虎來西戰(zhàn)敗，被驅(qū)逐到印度。從此，吐魯番地區(qū)和哈密地區(qū)都并入了葉爾羌汗國的版圖。這樣，不但擴大了葉爾羌汗國的強域，而且從此也結(jié)束了自東察合臺汗國中期以后天山以南地區(qū)分為東西兩部的分裂局面。

根據(jù)穆斯林史家們的記載，拉施德汗和他的繼承者阿卜都喀林木都是賢明的君主。拉施德是一位經(jīng)過殘酷戰(zhàn)爭鍛煉、有雄才大略的年輕君主。而且非常重視民族文化，還親自參與整理著名的維吾爾音樂《十二木卡姆》。

拉施德汗的繼承者阿卜都喀林木是一位公正而勤于政事的君主。根據(jù)葉爾羌汗國史學(xué)家沙·馬合木提·楚剌思的記載，他會安排時間公開接見普通百姓，聽取訴訟、按伊斯蘭法典進行判決;他經(jīng)常同大臣、將軍們一起商討汗國大事，懲治高利貸者。在他們父子統(tǒng)治期間，葉爾羌汗國社會經(jīng)濟得到了很好的發(fā)展機會，呈現(xiàn)出太平、繁榮的景象。

阿卜都喀林木汗死后，由其弟弟馬黑麻繼位。馬黑麻汗統(tǒng)治十八年。馬黑麻死后，其子繼位。自此吉爾吉斯人成了葉爾羌汗國的嚴(yán)重威脅的同時，汗國內(nèi)部也開始出現(xiàn)內(nèi)訌，發(fā)生叛亂。

在一系列的封建割據(jù)、各派混戰(zhàn)和爭奪汗位的斗爭中，交戰(zhàn)各方都是四處派人爭取四周的吉爾吉斯人、哈薩克人、瓦剌人以及和卓家族勢力的支持。來自撒瑪爾罕城的伊斯哈克的兒子和卓沙迪爾，在可汗馬黑麻極力支持下，成為宗教領(lǐng)袖，向各地方發(fā)展，伊斯哈克及其子這一支稱為黑山派。這時，伊斯哈克的親兄弟伊善哈蘭兒的兒子默罕默德·玉素甫也從河中地區(qū)來到葉爾羌汗國，活動于喀什噶爾，傳播教義，宜傳自己的主張，這一支稱為白山派。

白山派和黑山派是伊斯蘭教在新疆的最主要的派別。在葉爾羌汗國內(nèi)部的這兩派由原來的政權(quán)的支持者轉(zhuǎn)變成了政權(quán)的操縱者，最后發(fā)展成勢不兩立的政敵。在這兩派的控制下葉爾羌汗廷及地方政權(quán)之間的明爭暗斗，愈演愈烈，混戰(zhàn)不已。給人民帶來了巨大災(zāi)難和精神枷鎖。最后，汗國在他們的相互殘殺中遭到了毀滅。

公元1638-1639年間，葉爾羌汗國發(fā)生宮廷內(nèi)亂，蘇丹阿黑麻放棄汗位，逃亡巴里黑。這時，葉爾羌汗國東部王阿卜剌因汗的長子阿卜達拉汗率兵進攻喀什噶爾，并且得到了宮廷大臣們的歡迎，阿卜達拉因此登上汗位，使葉爾羌汗國的王位又回到汗位繼承者之一的拉施德汗的幼子手中，長期處于東西割據(jù)的汗國重新又統(tǒng)一起來，但是，葉爾羌汗國的實際權(quán)力仍然掌握在宗教領(lǐng)袖及和卓們手中。

公元1640年，當(dāng)阿卜達拉汗開始全面統(tǒng)治葉爾羌汗國的時候，瓦剌部的勢力進一步發(fā)展。雖然阿卜達拉汗率兵攻打叛軍，平定了叛軍，恢復(fù)了庫車、博洛爾和巴達克山等地區(qū)。但是，在費爾干納地區(qū)的戰(zhàn)斗和瓦剌入侵的戰(zhàn)斗中遭到失敗。眾叛親離的情況下，他放棄汗位，去圣城麥加朝覲，死在途中。1667年，其子尤勒巴爾斯繼位。

公元1668年，尤勒巴爾斯得到白山派和卓們的支持，同阿克蘇的黑山派和卓們展開了爭奪汗位的斗爭。準(zhǔn)噶爾統(tǒng)治者阿勒坦臺吉在這兩派的斗爭中支持黑山派，并擁尤勒巴爾斯汗的弟弟伊斯梅爾汗;而僧格爾臺吉卻支持尤勒巴爾斯汗。僧格爾臺吉逼迫尤勒巴爾斯汗讓出汗位之后，將尤勒巴爾斯汗的幼子扶上汗位，實際上由僧格爾臺吉掌握了汗權(quán)。葉爾羌汗國宮廷內(nèi)發(fā)生流血，相互殘殺，一片混亂。1670年在將軍、大臣們的擁戴下伊斯梅爾汗舉行了傳統(tǒng)的登基儀式，宣布為葉爾羌汗國的君主。這樣，掌握了汗權(quán)的伊斯梅爾開始對白山派實行殘酷鎮(zhèn)壓。

白山派首領(lǐng)阿帕克和卓逃出喀什噶爾后，經(jīng)過印度進入西藏。他在拉薩晉見了五世達賴?yán)?。達賴讓他帶著親筆信去見準(zhǔn)噶爾的臺吉噶爾丹。1678年，他又返回到北疆拜見噶爾丹，噶爾丹見到達賴的親筆信后派出一萬余名騎兵攻入天山以南地區(qū)，經(jīng)過激烈的戰(zhàn)斗，噶爾丹的騎兵打敗了伊斯梅爾汗的軍隊，并將伊斯梅爾汗及其親屬、大臣們俘獲，送往伊犁。從此，存在150多年的葉爾羌汗國滅亡了。由噶爾丹的部下控制了葉爾羌汗國的各項權(quán)利，汗國成為噶爾丹的屬地。