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      單基因遺傳病——家系樣本研究思路

       OnceApple 2019-09-06

      基因遺傳病指由單個(gè)或單對(duì)等位基因突變導(dǎo)致的疾病,主要由遺傳因素決定,遵循孟德爾遺傳規(guī)律,外顯率較高。通常分為常染色體顯性、常染色體隱性、X伴性顯性、X伴性隱性、Y伴性遺傳病五種。根據(jù)OMIM數(shù)據(jù)庫,目前共有23,437個(gè)基因被報(bào)道與已知疾病或病理性狀相關(guān)。

      絕大多數(shù)的單基因遺傳病是由基因所編碼的蛋白質(zhì)和或量的改變引起的,多數(shù)采用全外顯子組測(cè)序(Whole exome sequencing, WES)技術(shù)進(jìn)行研究,挖掘與蛋白質(zhì)功能相關(guān)的遺傳變異。單基因病研究思路根據(jù)樣本情況不同,可分為家系樣本和散發(fā)樣本研究 。

      顯性遺傳家系研究

      顯性遺傳家系特點(diǎn)如圖1所示,需尋找患者中共有而正常個(gè)體中沒有的雜合突變。樣本選取建議選擇4例以上患病個(gè)體(通常稱為case);或者選取至少2例患病個(gè)體(case)和1 例正常個(gè)體(通常稱為control), case盡量選擇親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的樣本,control盡量選擇與其中一例患病個(gè)體親緣關(guān)系較近的樣本。

      案例解析

      外顯子組測(cè)序解析卵細(xì)胞發(fā)育障礙

      Mutations in TUBB8 and Human Oocyte Meiotic Arrest

      期刊:New England Journal of Medicine
      影響因子:55.873
      發(fā)表時(shí)間:2016年1月

      一、研究背景

      目前體外受精占全球出生率1-3%。通過促性腺激素調(diào)理和卵巢刺激,一些卵細(xì)胞仍發(fā)育不成熟是常見現(xiàn)象,而完全的卵細(xì)胞發(fā)育受阻只在少數(shù)女性中被報(bào)道。引起這類卵細(xì)胞成熟障礙的遺傳機(jī)制還并不清楚。

      二、方法流程

      取材

      一個(gè)四代家系中5個(gè)個(gè)體(3 cases,2 controls)

      測(cè)序

      WES,50×有效測(cè)序深度

      分析

      1. Cases共有而controls中沒有的突變
      2. 未被報(bào)道的突變
      3. 1000G、NHLBI、ExAC中MAF<0.1%的突變

      驗(yàn)證

      Sanger測(cè)序驗(yàn)證家系內(nèi)個(gè)體共分離
      其他家系個(gè)體驗(yàn)證
      細(xì)胞功能學(xué)驗(yàn)證

      三、研究結(jié)果

      1. WES發(fā)現(xiàn)TUBB8突變

      選取一個(gè)4代家系中3名因卵細(xì)胞減數(shù)分裂Ⅰ期發(fā)育受阻導(dǎo)致不孕的患者和2個(gè)正常個(gè)體進(jìn)行WES測(cè)序分析,發(fā)現(xiàn)TUBB8 突變。

      2. 家系內(nèi)共分離和其他患病家系患者驗(yàn)證

      使用sanger測(cè)序?qū)Π摷蚁翟趦?nèi)的24個(gè)家系患病個(gè)體驗(yàn)證,共發(fā)現(xiàn)7個(gè)家系患病個(gè)體卵子減數(shù)分裂Ⅰ期發(fā)育受阻,存在7個(gè)primary-specific TUBB8 突變。該家系為罕見的常染色體顯性遺傳的女性不孕。

      3. 細(xì)胞功能性驗(yàn)證

      a. 組織分布特異性研究,發(fā)現(xiàn)TUBB8 只分布于卵細(xì)胞和早期胚胎。
      b. TUBB8 突變影響卵細(xì)胞成熟。


      圖1 患病個(gè)體的四代家系圖譜

      四. 研究結(jié)論

      TUBB8 突變呈現(xiàn)遺傳自父親的常染色體顯性遺傳模式和新生突變,具有顯性負(fù)相關(guān)效應(yīng)。突變影響微管異質(zhì)二聚體結(jié)構(gòu),破壞了微管行為、卵子減數(shù)分裂組裝和成熟,從而導(dǎo)致女性不孕。

      隱性遺傳家系研究

      隱性遺傳家系特點(diǎn)如圖2所示,患病個(gè)體親代是突變攜帶者但表型正常,子代患病。需要尋找子代患者中共有的純合或者復(fù)合雜合突變。樣本選取建議選擇核心家系(如患病子代+雙親,3~4 例cases);但是對(duì)于非近親結(jié)婚家系,盡量避免選取表型正常的同胞作為control,因?yàn)闊o法判斷個(gè)體是否攜帶致病突變,在后續(xù)分析中容易遺漏重要突變信息。

      案例解析

      外顯子組測(cè)序解析常染色體隱性先天性淋巴管發(fā)育不良

      Impaired Piezo1 function in patients with a novel autosomal
      recessive congenital lymphatic dysplasia

      期刊: NATURE COMMUNICATIONS
      影響因子:11.47
      發(fā)表時(shí)間:2015年9月

      一、研究背景

      Piezo1 離子通道是包括血管內(nèi)皮細(xì)胞、腎小管細(xì)胞和紅細(xì)胞等幾個(gè)細(xì)胞中機(jī)械應(yīng)力的介質(zhì)。Piezo1 功能性獲得突變引起常染色體顯性溶血性貧血--脫水遺傳性口形紅細(xì)胞增多癥。然而,Piezo1 功能性缺失突變對(duì)表型的影響仍未知。

      二、方法流程

      取材

      一個(gè)家系(2個(gè)患病孩子+正常父母)

      測(cè)序

      WES,70×有效測(cè)序深度

      分析

      1. 報(bào)道的已知基因突變
      2. 常染色體隱性遺傳模式篩選
      3. 1000G中MAF<0.1%
      4. 突變?cè)?000G、ESP、ExAC中不存在

      驗(yàn)證

      Sanger測(cè)序驗(yàn)證
      細(xì)胞功能學(xué)驗(yàn)證

      三、研究結(jié)果

      1. WES發(fā)現(xiàn)Piezo1 突變

      選取一個(gè)家系中2個(gè)因先天性淋巴管發(fā)育不良而導(dǎo)致先天淋巴水腫的患者和正常父母進(jìn)行WES測(cè)序分析,發(fā)現(xiàn)Piezo1 發(fā)生功能缺失突變—一個(gè)復(fù)合雜合突變:(剪接位點(diǎn)突變)c.3455+1G>A 和 (錯(cuò)義突變)c.6085G>C;p.Gly2029Arg。

      2. Piezo1 的功能減弱

      細(xì)胞功能性驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)Piezo1 發(fā)生突變導(dǎo)致蛋白在細(xì)胞表面表達(dá)下調(diào),Piezo1 的功能顯著減弱。


      圖2 家系圖譜及患病個(gè)體

      四. 研究結(jié)論

      對(duì)先天性淋巴管發(fā)育不良而導(dǎo)致淋巴持續(xù)水腫的患者以及不患病的父母進(jìn)行外顯子組測(cè)序,發(fā)現(xiàn)PIEZO1發(fā)生雙等位基因突變(復(fù)合雜合突變)。分析患者的紅細(xì)胞以及不同系統(tǒng)研究顯示等位基因突變導(dǎo)致PIEZO1(蛋白)功能減弱。

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