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以轉(zhuǎn)錄因子HIF1A與基因PLOD2的TFBS預(yù)測為例。 方法如下： 一，檢索轉(zhuǎn)錄因子（例如：HIF1A）TFBS信息 1、進入JASPARdatabase官網(wǎng) http://jaspar./ 2、輸入對應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子名稱進行快速檢索（例如：輸入HIF1A），或者根據(jù)需要選擇合適的數(shù)據(jù)庫，確定ID、物種及類型等參數(shù)再進行檢索。 3、檢索到目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子HIF1A的TFBS信息 4、在頁面右側(cè)的區(qū)域輸入相應(yīng)的目標(biāo)序列（例如：基因PLOD2的啟動子序列）。 二，檢索基因的啟動子序列（例如：基因PLOD2的啟動子序列） 1、進入NCBI網(wǎng)站 http://www.ncbi.nlm./ 2、在檢索欄中輸入目標(biāo)基因的名稱（例如：輸入PLOD2），并選擇Gene數(shù)據(jù)庫，點擊檢索 3、找到目標(biāo)基因，點擊“PLOD2” 4、進入目標(biāo)基因頁面之后，下拉至 5、找到目標(biāo)基因的序列 6、啟動子位于基因的上游2K區(qū)域，因此我們把"Selected region"往后延伸2K的區(qū)域；同時我們選擇反義方向。 7、復(fù)制目標(biāo)基因啟動子序列信息，注意（序列信息上一行，“>”所在行也必須復(fù)制） 三，檢索轉(zhuǎn)錄因子HIF1A與基因PLOD2啟動子區(qū)域的結(jié)合情況 1、將復(fù)制所得的基因PLOD2的啟動子序列信息粘貼在JASPAER網(wǎng)站中轉(zhuǎn)錄因子HIF1A的TFBS右側(cè)區(qū)域。注意，在轉(zhuǎn)錄因子HIF1A的TFBS信息欄前的方框內(nèi)打勾“√”。 2、得到轉(zhuǎn)錄因子轉(zhuǎn)錄因子HIF1A與基因PLOD2的啟動子結(jié)合的信息
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