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      岡崎令治與DNA的半不連續(xù)復(fù)制

       lcy1971 2020-02-14

      梅塞爾森和凱恩斯等人證實(shí)了DNA的半保留復(fù)制機(jī)制。但是,關(guān)于DNA鏈延伸的具體機(jī)制,還存在一個(gè)“延伸方向悖論”,即所有DNA聚合酶均以5’-3’方向合成,而實(shí)驗(yàn)觀察中兩條反向平行的DNA鏈又都是連續(xù)延伸的。也就是說,下面的兩個(gè)模型都缺乏實(shí)驗(yàn)支持。

      DNA鏈延伸的兩種模型。Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci. 2017

      解決這個(gè)問題的是名古屋大學(xué)的岡崎夫婦,岡崎令治(Reiji Okazaki)和岡崎恒子(Tsuneko Okazaki)。他們曾在科恩伯格實(shí)驗(yàn)室學(xué)習(xí),回國后將復(fù)制方向問題作為自己的研究主題。岡崎認(rèn)為,DNA復(fù)制過程中可能形成了很多較短的DNA片段,但用宏觀方法難以分辨。比如放射自顯影的每個(gè)顆粒對應(yīng)的核酸片段其實(shí)大于1000個(gè)核苷酸,難以發(fā)現(xiàn)不連續(xù)的小片段。所以必須建立微觀的、核苷酸水平的實(shí)驗(yàn)體系。

      岡崎夫婦在實(shí)驗(yàn)室。引自百度百科

      他們用放射性元素氚標(biāo)記胸苷,在很短的時(shí)間內(nèi)進(jìn)行復(fù)制,以控制其僅在DNA鏈的末端摻入少數(shù)幾個(gè)放射性核苷酸,即脈沖標(biāo)記。經(jīng)過計(jì)算,如果在37℃下合成,時(shí)間必須小于0.1秒才行,顯然無法達(dá)成。所以他們采用了低溫脈沖合成方法,在低溫(20℃或更低)條件下將細(xì)菌暴露于氚標(biāo)記的胸苷數(shù)秒,終于發(fā)現(xiàn)了長度為僅1,000-2,000個(gè)核苷酸的DNA片段(后來稱為岡崎片段)。

      當(dāng)脈沖標(biāo)記時(shí)間延長,放射性會(huì)從短的DNA片段轉(zhuǎn)移到較長的DNA鏈。而對DNA連接酶的抑制會(huì)導(dǎo)致岡崎片段的積累。這些發(fā)現(xiàn)提示了DNA的不連續(xù)復(fù)制機(jī)制。1968年,岡崎令治應(yīng)邀參加冷泉港研討會(huì),提出了DNA的不連續(xù)復(fù)制模型。

      岡崎令治在冷泉港研討會(huì)介紹不連續(xù)復(fù)制機(jī)制。Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci. 2017

      岡崎夫婦還發(fā)現(xiàn)岡崎片段合成需要RNA引物,以及前導(dǎo)鏈的連續(xù)復(fù)制等??上У氖?,岡崎令治在廣島讀高中時(shí)遭遇原子彈輻射,1975年死于白血病,享年44歲。之后恒子繼續(xù)研究,最終建立了半不連續(xù)復(fù)制(semi-discontinuous replication)模型。

      在模型中,一條子代DNA鏈與復(fù)制叉同向,由5’向3’方向連續(xù)復(fù)制,稱為前導(dǎo)鏈(leading strand);另一條鏈的延伸方向與復(fù)制叉相反,形成許多不連續(xù)的岡崎片段(Okazaki fragment),最后由DNA連接酶拼接成完整的DNA,稱為滯后鏈(lagging strand)。

      岡崎的半不連續(xù)復(fù)制模型。Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci. 2017

      圖中模板DNA上的點(diǎn)表示引物RNA合成的起始信號(hào)序列。他們鑒定了模板DNA上的引物合成信號(hào)序列,并繪制在圖中。結(jié)果表明,引物信號(hào)多于岡崎片段數(shù)。這說明在復(fù)制時(shí)可以選擇不同的信號(hào)序列,具有一定的靈活性,也有助于復(fù)制不留空隙。

      從半不連續(xù)模型上看,似乎前導(dǎo)鏈和滯后鏈?zhǔn)怯蓛蓚€(gè)酶分別合成,前進(jìn)方向相反。但其實(shí)它們是由一個(gè)雙核心的pol III復(fù)合物催化的,兩條鏈前進(jìn)的方向是相同的。這就是布魯斯·阿爾伯茨(Bruce Alberts)提出的 “長號(hào)” DNA循環(huán)模型(Trombone?model)。

      滯后鏈合成的長號(hào)模型。Mol Cell. 2006

      模型中,滯后鏈解鏈后的ssDNA回折,形成一段DNA環(huán)?;卣酆蟮臏箧溂纯膳c前導(dǎo)鏈同時(shí)被pol III的兩個(gè)核心分別催化。滯后鏈的延伸使DNA環(huán)不斷伸長。當(dāng)這個(gè)岡崎片段合成完畢,核心酶會(huì)轉(zhuǎn)移到新的RNA引物處,合成下一個(gè)岡崎片段,DNA環(huán)又變短。這樣,DNA環(huán)周期性伸縮,恰似長號(hào)演奏的情景。

      長號(hào),引自百度圖片

      大腸桿菌復(fù)制叉移動(dòng)速度約為每秒1 kb,岡崎片段長度為1-2 kb ,因此這個(gè)“長號(hào)”的伸縮周期只有幾秒鐘,催化滯后鏈的核心酶也需要不斷轉(zhuǎn)移。引發(fā)酶(DnaG)合成新的引物后,被鉗加載器(clamp loader)識(shí)別,并在雜合雙鏈處加載新的滑動(dòng)鉗。然后核心酶與原來的滑動(dòng)鉗解離,轉(zhuǎn)移到新的滑動(dòng)鉗上,開始新的岡崎片段合成。

      大腸桿菌復(fù)制體結(jié)構(gòu)。Cell Cycle. 2009

      長號(hào)模型也適用于真核生物,但具體細(xì)節(jié)有所不同。真核的活性解旋酶是CMG(Cdc45、Mcm2-7和GINS復(fù)合物),滑動(dòng)鉗是PCNA,鉗加載器是RFC(復(fù)制因子C)。真核的一個(gè)顯著特點(diǎn)是前導(dǎo)鏈與滯后鏈的復(fù)制酶不同,前導(dǎo)鏈用Polε,滯后鏈用Polδ。

      真核復(fù)制體結(jié)構(gòu)模型。Annu Rev Biochem. 2017

      Polα作為引發(fā)酶,合成引物并延伸約20-30個(gè)核苷酸。RFC識(shí)別引物并加載滑動(dòng)夾PCNA。之后由聚合酶δ和ε進(jìn)行合成。真核復(fù)制叉的移動(dòng)速度大約為每分鐘1-2 Kb。

      參考文獻(xiàn):

      1. Tsuneko Okazaki. Days weaving the lagging strand synthesis of DNA - A personal recollection of the discovery of Okazaki fragments and studies on discontinuous replication mechanism. Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci. 2017;93(5):322-338.

      2. Lance D Langston, et al. DNA replication: keep moving and don't mind the gap. Mol Cell. 2006 Jul 21;23(2):155-60.

      3. Lance D Langston, et al. Whither the replisome: emerging perspectives on the dynamic nature of the DNA replication machinery. Cell Cycle. 2009 Sep 1;8(17):2686-91.

      4. Peter M J Burgers, et al. Eukaryotic DNA Replication Fork. Annu Rev Biochem. 2017 Jun 20;86:417-438.

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