【原】文獻(xiàn)分享：抗原抗體相互作用界面數(shù)據(jù)庫(kù)AACDB

武漢邁思 2025-06-11 發(fā)布于湖北

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背景

抗體是免疫系統(tǒng)的重要組成部分，具有廣泛的生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用。闡明抗體與抗原之間的復(fù)雜相互作用是藥物開發(fā)的重要步驟。然而，數(shù)據(jù)的復(fù)雜性和廣泛性給準(zhǔn)確識(shí)別和理解這些相互作用帶來了巨大挑戰(zhàn)。為了克服這些挑戰(zhàn)并加深對(duì)抗體-抗原界面的理解，電子科技大學(xué)黃健教授的研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)開發(fā)了抗原-抗體復(fù)合物數(shù)據(jù)庫(kù)（AACDB）。

2025年5月22日，黃健教授的研究團(tuán)隊(duì)在Elife上發(fā)表了一篇名為“A comprehensive antigen-antibody complex database unlocking insights into interaction interface”的文章，文章對(duì)AACDB進(jìn)行了詳細(xì)介紹，數(shù)據(jù)庫(kù)整合了關(guān)于抗體可開發(fā)性和抗原-藥物靶點(diǎn)關(guān)系的數(shù)據(jù)，對(duì)于協(xié)助新抗體療法的開發(fā)具有重要價(jià)值。該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了全面的抗體抗原表位信息，使其稱為免疫信息學(xué)研究中寶貴的基準(zhǔn)。AACDB還使用兩種方法（ΔSASA和原子距離）提供相互作用殘基的詳細(xì)信息，從而促進(jìn)對(duì)抗原表位和抗原表位預(yù)測(cè)方法的基準(zhǔn)研究。AACDB提供了一個(gè)用戶友好的界面，方便查詢、操作、瀏覽和可視化抗體-抗原復(fù)合物的綜合信息。它還提供定制數(shù)據(jù)集以滿足特定的研究需求。研究人員可以完全在線訪問AACDB（http://i./AACDB），該數(shù)據(jù)庫(kù)會(huì)定期更新。

AACDB界面介紹

數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)界面

這個(gè)界面主要列出了抗體類型在數(shù)據(jù)庫(kù)中的分布，不同年份發(fā)布的抗原-抗體復(fù)合物的數(shù)量（唯一的PDBID），抗體條目按生物體的分布情況。

數(shù)據(jù)庫(kù)瀏覽和搜索界面

在這個(gè)界面中會(huì)列出AACDB_ID，PDBID，輕重鏈ID，抗體，抗原，物種來源，結(jié)構(gòu)的試驗(yàn)方法，蛋白結(jié)構(gòu)分辨率以及參考文獻(xiàn)相關(guān)信息。

通過使用AACDB_ID可以訪問單個(gè)結(jié)構(gòu)，點(diǎn)擊AACDB_ID會(huì)跳轉(zhuǎn)到一個(gè)更詳細(xì)的界面，包括抗體的突變、INN和臨床試驗(yàn)、抗原在DrugBank中的ID（如果存在）。在結(jié)構(gòu)信息選項(xiàng)卡下，可以找到有關(guān)每個(gè)鏈的進(jìn)一步詳情。這些包括：序列、突變氨基酸類型和位置、基于ΔSASA方法的每個(gè)鏈中的相互作用殘基、通過距離閾值<6 ?的結(jié)合位點(diǎn)-表位殘基的相互作用圖。單個(gè)條目可以下載相關(guān)數(shù)據(jù)。

AACDB的優(yōu)勢(shì)和局限性

在數(shù)據(jù)整理中，發(fā)現(xiàn)了PDB數(shù)據(jù)庫(kù)注釋中許多錯(cuò)誤，還投入了大量努力和時(shí)間來手動(dòng)交叉引用原始文獻(xiàn)，以糾正這些錯(cuò)誤并排除SabDab錯(cuò)誤地將抗體結(jié)合蛋白標(biāo)注為抗原的情況。

除了策劃和重新標(biāo)注結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)外，AACDB還提供了其他抗原抗體復(fù)合物數(shù)據(jù)庫(kù)所不具備的功能：（1）AACDB的數(shù)據(jù)處理管道支持mmCIF文件；（2）通過兩種方法提供相互作用界面上的氨基酸，從而能夠?yàn)楸砦缓透北砦欢x統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。這為已開發(fā)的相互作用界面預(yù)測(cè)工具提供了一個(gè)更準(zhǔn)確、全面的基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集，增強(qiáng)了各種工具的可比性。

目前AACDB僅包括長(zhǎng)度大于50個(gè)氨基酸的抗原蛋白。當(dāng)前的AACDB版本僅包括長(zhǎng)度超過50個(gè)氨基酸的抗原蛋白。未來的迭代將擴(kuò)展結(jié)構(gòu)覆蓋范圍至多樣化的抗原類別（肽、核酸、半抗原），同時(shí)通過系統(tǒng)交叉引用納入文獻(xiàn)驗(yàn)證的親和力數(shù)據(jù)。

結(jié)論

AACDB是一個(gè)新穎的抗原抗體復(fù)合物數(shù)據(jù)庫(kù)，提供了關(guān)于抗體可開發(fā)性、抗原藥物靶點(diǎn)關(guān)系以及詳細(xì)的抗原抗體相互作用界面的信息。它可以在http://i./AACDB完全訪問。我們致力于定期更新數(shù)據(jù)，確保免疫信息學(xué)的研究人員能夠及時(shí)獲取有價(jià)值的資源。