現(xiàn)如今，轉(zhuǎn)錄組測序以及相應(yīng)的基礎(chǔ)分析流程已經(jīng)十分成熟，發(fā)文套路也趨于同質(zhì)化，這時(shí)候很多小伙伴就比較頭疼了，如何讓自己只做了單一組學(xué)-轉(zhuǎn)錄組研究的課題發(fā)一個(gè)不錯(cuò)的paper呢？

今天，我們通過一篇發(fā)表在Advanced Functional Materials（IF=18.5）的凌恩客戶文章，為大家介紹轉(zhuǎn)錄相關(guān)數(shù)據(jù)的挖掘，分析流程以及精美實(shí)用的可視化展示，讓文章增色添彩。

客戶案例

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)：構(gòu)建糖尿病感染傷口模型，設(shè)置 FCG（殼聚糖納米酶）（FeSe?/Cu?O/GOx）處理組與對照組，提取傷口組織 RNA 進(jìn)行測序。

組學(xué)檢測：轉(zhuǎn)錄組測序

結(jié)果-轉(zhuǎn)錄組分析

首先依據(jù)轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)得到基因的表達(dá)矩陣，然后對其進(jìn)行差異分析，使用 DESeq2篩選顯著差異基因（DEGs），發(fā)現(xiàn)FCG處理組共鑒定出574個(gè)差異基因，其中187個(gè)上調(diào)（如抗氧化酶基因SOD、CAT），387個(gè)下調(diào)，如炎癥相關(guān)基因（如 IL-6）下調(diào)，且FoxO 信號通路關(guān)鍵基因（GLUT4、STAT3、FoxO1A）表達(dá)顯著抑制。

作者通過火山圖對差異分析的結(jié)果進(jìn)行了可視化展示，可以直觀的看到大部分基因處于上調(diào)區(qū)間。同時(shí)繪制的差異表達(dá)基因的聚類熱圖，清晰展示了各基因的表達(dá)量差異。

經(jīng)過差異基因分析后，接著通過KEGG富集分析和GO分析來解析這些差異表達(dá)基因（DEGs）的生物學(xué)功能，KEGG富集分析發(fā)現(xiàn)差異基因有兩大功能機(jī)制，抗菌機(jī)制的差異基因富集于“活性氧（ROS）生成”“谷胱甘肽代謝”通路，印證FCG通過 產(chǎn)生活性氧清除病原菌。修復(fù)機(jī)制的基因富集于“細(xì)胞增殖”“血管生成”“細(xì)胞外基質(zhì)合成”通路，提示FCG通過下調(diào)FoxO信號通路促進(jìn)細(xì)胞周期進(jìn)展（如S期細(xì)胞比例增加）和血管內(nèi)皮生長因子（VEGF）表達(dá)。

GO分析發(fā)現(xiàn)FCG誘導(dǎo)的基因顯著富集于與傷口愈合、再生、細(xì)胞生長和葡萄糖響應(yīng)高度相關(guān)的通路中。

最后借助VENN圖和蛋白網(wǎng)絡(luò)互作圖（PPI）揭示FoxO1A與STAT3、GLUT4形成緊密調(diào)控模塊，且與VEGFA（血管生成基因）存在間接互作。

本研究通過轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘，系統(tǒng)解析了殼聚糖納米酶（FCG）在糖尿病感染傷口中的雙重作用機(jī)制：I型異質(zhì)結(jié)的高效催化抗菌與雙Z型異質(zhì)結(jié)的光激活修復(fù)。這一策略為感染性疾病治療提供了新思路，未來可通過優(yōu)化異質(zhì)結(jié)成分（如引入其他金屬硒化物）或搭載緩釋系統(tǒng)，進(jìn)一步提升臨床轉(zhuǎn)化潛力。

以上分析內(nèi)容均由凌恩生物提供，如果您也想做轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)高分文章或者手上有轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)不知道如何分析，凌恩  生物  將為您提供一站式服務(wù)，助力您的科研成果轉(zhuǎn)化。

參考文獻(xiàn)

Type-Transformational BioHJzyme Enabled by Composition Modulation-Mediated Energy Band Engineering for Diabetic Infectious Wound Healing.Advanced Functional Materials,2024