第一，機(jī)構(gòu)簡(jiǎn)單，管理人員較少。書(shū)院的主持人往往又是書(shū)院的主講人，一般由著名學(xué)者擔(dān)任。書(shū)院的負(fù)責(zé)人一般稱(chēng)為山長(zhǎng)(也有稱(chēng)洞主、洞正、堂長(zhǎng)、山主等)，書(shū)院的管理人員除山長(zhǎng)外，有的還設(shè)有副山長(zhǎng)、助教、講書(shū)等，協(xié)助山長(zhǎng)管理書(shū)院教育教學(xué)等事宜。另外，學(xué)生也可以參與書(shū)院的管理。

第二，課程設(shè)置比較靈活，富有彈性，而且不同的書(shū)院在課程設(shè)置上有很大差異。教學(xué)則以學(xué)生自學(xué)、師生之間的自由研討為主。對(duì)學(xué)生的考查，亦注重德才兼?zhèn)浜推綍r(shí)考核。學(xué)生有日記冊(cè)，書(shū)院里的季考或歲考的成績(jī)要參照平時(shí)成績(jī)斟酌給定。

第三，設(shè)置、頒布嚴(yán)格的學(xué)規(guī)，進(jìn)行規(guī)范化、制度化的管理。書(shū)院所訂學(xué)規(guī)要求師生共同遵守互相監(jiān)督。

第四，書(shū)院經(jīng)費(fèi)自主。書(shū)院的主持人往往自籌辦學(xué)經(jīng)費(fèi)，其經(jīng)費(fèi)來(lái)源亦號(hào)稱(chēng)多途，既有名人捐款，也有官方賜學(xué)田、賜房屋等。書(shū)院的開(kāi)支主要用于教學(xué)、購(gòu)書(shū)和進(jìn)行學(xué)術(shù)研究。

第五，注重形成獨(dú)具的特色。宋明之際的書(shū)院，每個(gè)書(shū)院都是某一大師學(xué)術(shù)研究的基地，許多著名的學(xué)者在主持自己的書(shū)院的時(shí)候，都注意形成自己書(shū)院落拓不群的鮮明個(gè)性，形成獨(dú)具的教學(xué)、科研特色。

書(shū)院在教育教學(xué)上，形成了以下幾個(gè)特點(diǎn)：

第一，書(shū)院既是教育教學(xué)組織，又是學(xué)術(shù)研究機(jī)構(gòu)。學(xué)術(shù)研究是書(shū)院教育教學(xué)的基礎(chǔ)，而書(shū)院的教育教學(xué)，又是其學(xué)術(shù)研究成果得以傳播和進(jìn)一步發(fā)展的必要條件，二者密切相聯(lián)，共生互動(dòng)。

第二，“百家爭(zhēng)鳴”與“門(mén)戶(hù)開(kāi)放”。書(shū)院的教學(xué)繼承了稷下學(xué)宮的優(yōu)良傳統(tǒng)，采取“百家爭(zhēng)鳴”、門(mén)戶(hù)開(kāi)放的政策。書(shū)院教學(xué)不拘泥于一家之言，允許不同學(xué)派之間進(jìn)行廣泛的辯鳴 。比如南宋時(shí)期朱熹和陸九淵是兩個(gè)不同學(xué)派的學(xué)術(shù)領(lǐng)袖，曾進(jìn)行過(guò)公開(kāi)的論辯。但朱熹卻主動(dòng)邀請(qǐng)陸九淵到自己主持的白鹿洞書(shū)院講學(xué)，并把講學(xué)內(nèi)容刊刻在石頭上，以便于學(xué)生學(xué)習(xí)與參考，這為不同學(xué)派在同一書(shū)院講學(xué)樹(shù)立了榜樣，首開(kāi)書(shū)院“講會(huì)”之先河。此后，許多書(shū)院的主講在講學(xué)中都?xì)g迎別人質(zhì)疑問(wèn)難，進(jìn)行辯論，逐漸形成書(shū)院的“講會(huì)制度”，使我國(guó)古代高等教育的教學(xué)氣氛活躍，學(xué)術(shù)研究氣氛濃厚。而且，書(shū)院講會(huì)制度的盛行，不僅打破了各家書(shū)院之間的門(mén)戶(hù)之見(jiàn)，而且打破了師生之間在受業(yè)上的地域限制，學(xué)生來(lái)去自由，師生之間自由交流，形成了高等學(xué)校開(kāi)放的辦學(xué)傳統(tǒng)。

第三，教學(xué)注重講明義理，躬行實(shí)踐，多采用問(wèn)難論辯式，注重啟發(fā)誘導(dǎo)，因材施教，注意激發(fā)學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣，培養(yǎng)學(xué)生的學(xué)習(xí)能力。書(shū)院的大師在教學(xué)過(guò)程中，大抵是提舉綱領(lǐng)，由學(xué)生隨其深淺自行體會(huì)。至于教學(xué)內(nèi)容，對(duì)不同的教育對(duì)象各有差異，決不強(qiáng)求一致，學(xué)生學(xué)習(xí)進(jìn)度的快慢完全取決于自己的能力。對(duì)于學(xué)生學(xué)習(xí)中所遇到的疑難問(wèn)題，更是隨其鉆研體會(huì)的程度，令其各有所思，不求一律。老師有時(shí)略加點(diǎn)化，啟發(fā)自悟，有時(shí)明白講解，以期徹悟。另外，書(shū)院教學(xué)注重知行結(jié)合，講求“躬行踐履”。書(shū)院的大師們認(rèn)為只教學(xué)生“讀書(shū)窮理”是不夠的，還必須把讀書(shū)窮理與“躬行踐履”相結(jié)合，引導(dǎo)學(xué)生把掌握的知識(shí)義理付之于親身實(shí)踐。書(shū)院的教學(xué)寓教于樂(lè)，注重激發(fā)學(xué)生的興趣。比如朱熹在白鹿洞書(shū)院講學(xué)期間，十分注重培養(yǎng)學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣。他每有閑暇即赴書(shū)院留居，與生徒游泉石山水林木之間，寓講說(shuō)、啟迪、點(diǎn)化于游樂(lè)之中。

第四，師生之間關(guān)系融洽，以道相交，感情深厚。

在中國(guó)古代教育史上，尤其是在私學(xué)教育中，形成了尊師愛(ài)生的優(yōu)良傳統(tǒng)。書(shū)院制度是由私學(xué)演化發(fā)展而來(lái)的，它理所當(dāng)然地繼承了私學(xué)這一光榮傳統(tǒng)。書(shū)院實(shí)行著自由擇師的制度，學(xué)生往往是慕名而來(lái)，師生之間以道義相守，以誠(chéng)相待。學(xué)生跟隨老師的時(shí)間較長(zhǎng)等都加深了師生之間的感情。比如，明代東林書(shū)院的師生共同關(guān)心時(shí)政，探討學(xué)術(shù)，議論得失，結(jié)下了深厚的感情，他們?cè)谥S議朝政慘遭迫害的情況下，生死相隨，矢志不移。

可以說(shuō)，中國(guó)古代的書(shū)院是在官府或私家聚書(shū)、藏書(shū)的基礎(chǔ)上發(fā)展為以學(xué)者講學(xué)、士子求學(xué)為主的培養(yǎng)人才的機(jī)構(gòu)?？茖W(xué)地講，書(shū)院實(shí)質(zhì)上是一種綜合型的文化教育組織，它具有多種功能。既是圖書(shū)館、高等學(xué)校，又是研究院和學(xué)者以文會(huì)友的重要場(chǎng)所。同時(shí)，書(shū)院從事著書(shū)、編書(shū)、校書(shū)等事業(yè)，也開(kāi)創(chuàng)了世界高等學(xué)校創(chuàng)辦圖書(shū)館和出版社的先例。總之，書(shū)院是中國(guó)古代傳統(tǒng)文化遺產(chǎn)中的瑰寶，是近千年來(lái)中國(guó)傳統(tǒng)文化傳承的物質(zhì)依托，對(duì)中國(guó)古代人才的培養(yǎng)與學(xué)術(shù)的發(fā)展、繁榮作出了重要貢獻(xiàn)。